1、无籽西瓜属于三倍体西瓜，坐果是单性结实，本身就容易受不良气候的影响。
2、前期管理差，植株发育不良，果实授粉期、发育期气温偏低，降雨少，土壤湿度小。
3、坐果节位偏低，特别是低节位坐果，容易产生畸形果、厚皮果、空心果和着色秕子果。
4、坐果节位偏高，特别是在第4个节位以后坐的果实，容易出现皮厚三棱瓜等。
5、着色秕子果还与磷肥的施用有关。磷肥施用过多，产生着色秕子果的机会多。
6、授粉方式不当：在雌花柱头上的雄花花粉不足或涂抹花粉不均匀，导致外瓜等畸形果。
7、使用坐瓜灵等激素时处理方法不当，导致西瓜皮厚、三棱畸形、空心、着色秕子。
8、病虫害的危害，特别是蓟马、蚜虫、螨虫、病*病的危害严重，导致许多地区栽培无籽西瓜出现出现畸形、空心和着色秕子等问题。解决对策：
1、合理安排播期，是开花坐果和果实发育处在气候温和湿润的季节。
2、合适节位留果。一般以留主蔓第3、第4雌花果，侧蔓第2、第3雌花果为佳。避免留过高和过低节位果。
3、选用合适的品种与组合。或选用果肉较硬的品种与组合，或选用中熟和中晚熟品种与组合。
4、采取准确的授粉方式和正确的使用坐瓜灵方法。
5、良好的田间管理（施肥、浇水、整枝打叉、人工授粉、选瓜留瓜、灭草及防治病虫害等）是克服上诉弊病获得优质无籽果实的重要保证。